Vilniuje

Anot genealoginio Vrublevskių giminės medžio, Eustachijus buvo vedęs Augustiną Vitkovskytę, su kuria susilaukė sūnaus Kazimiero. Žmona mirė 1855 metais, o sūnaus gyvenimo metai nenurodyti visai. Galbūt motina mirė gimdydama, o kūdikis neišgyveno. Tiesa, dar vieną sūnų Kazimierą Eustachijus turės, šiuo vardu bus pavadintas ir jo jaunėlis.

Praėjus porai metų po pirmosios žmonos mirties, 1857 metų liepos 15 dieną, būdamas 31-erių, Eustachijus Vrublevskis vedė 27-erių metų Emiliją Beniovskytę. Jų santuoka įvyko Vilniaus Šventosios Dvasios bažnyčioje.

Su Emilija jis susilaukė septynių vaikų: Tado Stanislovo, Marijos, Vladislovo, Stanislovo, Augustino Augusto, Zigmunto ir Kazimiero. Iš jų tik Tadas ir Augustinas pergyveno savo tėvą ir sulaukė brandaus amžiaus. 

Kartu su Eustachijaus šeima – žmona Emilija, sūnumis ir dukra – kurį laiką gyveno ir jo sesuo Elena, ji buvo įrašyta Eustachijaus namiškių registracijos knygoje. 

Vilniuje Eustachijus Vrublevskis vertėsi gydytojo homeopato praktika, buvo gana mėgstamas. Visgi nepamiršo ir savo anticarinių jaunystės idėjų. Jo namuose pasitarti rinkdavosi 1863 metų sukilimo vadovai Zigmas Sierakauskas, Kostas Kalinauskas ir kiti. Po brolio Antano Vaitiekaus mirties Eustachijus globojo ir jo sūnų, būsimą minėto sukilimo ir Paryžiaus komunos dalyvį Valerijoną Vrublevskį. 

Artimų Eustachijaus bičiulių ratą galima matyti jo vardadienio proga rašomų sveikinimų albume. Jis buvo pradėtas rašyti 1857 metais. Jame galima perskaityti proza ir eilėmis surašytų linkėjimų nuo garsių ir mažiau žinomų jo bičiulių.

Išskirtinį sveikinimą 1872 metų kovo 20 dieną į albumą įrašė Eustachijaus žmona Emilija. Tai buvo eilėraštis – vaikų vakaro malda tėčio vardadienio išvakarių proga. Pirmasis sveikinti pradėjo Tadas (Tadzio). Toliau deklamavo Marija (Marysia), Augustinas (Gucio). Paskutines keturias eilutes deklamavo visi vaikai, prie trijų vyresniųjų prisidėjo ir mažiausiasis Kazimieras (Kazio). Čia buvo įklijuotas ir 1887 metais jaunėlio Kazimiero tėvui parašytas sveikinimas. 

Eustachijus Vrublevskis ir pats eiliavo. Jo pastangas ir literatūrinius gebėjimus liudija sveikinimas pedagogui Henrikui Kurnatovskiui, kurio išlikęs juodraštis, rašytas 1872 metų liepos 15 dieną. Galbūt jis buvo įrašytas į sveikinimų knygą, panašią į tą, kokią turėjo ir pats Eustachijus.

Nors Eustachijus bendravo su sukilėliais, visgi po sukilimo valdžios nebuvo laikomas įtartinu vilniečiu. Apie tai liudija, taip pat apie politinę padėtį ir vilniečių nuotaikas po sukilimo daug pasako du Eustachijui Vrublevskiui 1865–1866 metais policijos išduoti leidimai. Tik gavę raštišką Vilniaus policijos leidimą, Vilniaus gyventojai galėjo vaikščioti su lazdele, o naktį – nesinešdami šviestuvo. Kaip patikimas pilietis, nekeliantis grėsmės valdžiai, Eustachijus tokius leidimus gavo.

Bibliotekoje saugoma nedaug paties Eustachijaus paliktų užrašų. Vieni iš jų – įvairių žinių ir įdomybių iš viso pasaulio užrašų knygutė, kurioje jis užsirašinėjo tai, ką tikriausiai kažkur perskaitė, galbūt išgirdo. Iš jos galima matyti, kokią informaciją jis laikė įdomią ar vertą ateityje prisiminti. Čia galima sužinoti, kiek angliškų mylių tęsėsi Londono gatvės 1873 metais, kiek Niujorke yra bažnyčių, kokia yra sidabro, aukso ar platinos lydymosi temperatūra, kiek alaus išgeriama Bavarijoje ar Belgijoje, kokie yra didžiausi deimantai ir pan. Visos šios įdomybės atskleidžia jo įvairiapusiškumą, tuo pačiu ir būdą, kaip jis užsirašydavo faktus, kuriuos laikė vertus prisiminti ateityje.

Išlikęs 1875 metų birželio 30 dieną Eustachijui išduotas pasas, su kuriuo jis 1878–1882 metais ne kartą vyko į Varšuvą, viešnagių metu apsistodavo viešbutyje „Saski“. 

Nežinome, kaip atrodė Eustachijaus Vrublevskio butas tuo metu, kai jis ten gyveno. Geriausiai žinomi vaizdai iš tų laikų, kai ten jau veikė biblioteka. Be jų, yra išlikusios kelios Tado Vrublevskio iš tėvų paveldėtame bute darytos nuotraukos, kur jis matyti su bičiuliais. Nors po tėvo mirties jau buvo praėję daugiau nei dešimt metų, visgi tai dar nebuvo kambariai, kurių sienos buvo apstatytos knygų lentynomis. Galima tikėtis, kad čia dar buvo likę šiek tiek panašumo į tuos namus, kuriuose gyveno Eustachijus.

Eustachijus Vrublevskis mirė 1891 metų birželio 9 dieną, buvo pašarvotas laidojimo namuose (ul. Dworcowa 14) kitos dienos vakarą. Laidotuvių Mišios aukotos birželio 11 d. Šv. Jono bažnyčioje.

Palaidotas Eustachijus Vrublevskis Vilniaus Rasų kapinėse.

1912 metais buvo įkurta visuomeninė draugija „Eustachijaus ir Emilijos Vrublevskių biblioteka“, kuriai 1913 metais Tadas Stanislovas Vrublevskis perdavė savo biblioteką.