„Źemajtiu Wiskupiste“
Pirmasis Motiejaus Valančiaus veikalas – 1848 metais 1500 egzempliorių tiražu išspausdinta „Žemaičių vyskupystė“ – pirmoji lietuviškai parašyta vienos iš Lietuvos vyskupijų bažnytinė istorija. Pramokusi lietuviškai skaityti žemaitiškai kalbanti liaudis šiuo veikalu sulaukė mokslinės studijos gimtąja kalba. Nors Valančius nebuvo pirmasis, domėjęsis šios vyskupijos istorija, jis buvo pirmasis, ją aprašęs lietuviškai – kalba, kuri tuo metu buvo viešojo visuomeninio ir kultūrinio gyvenimo užribyje. Daug kam iš amžininkų buvo nesuprantama, kodėl Valančius mokslinį veikalą nusprendė rašyti valstiečių kalba. Juk dėl šios priežasties tekstas tapo neprieinamas lenkiškai kalbantiems mokslininkams ir mokslu besidomintiems žmonėms (vertimas į lenkų kalbą buvo išspausdintas Krokuvoje tik 1898 metais). Tačiau rašydamas savo gimtąja kalba jis tuo pačiu įrodė, kad ji gali būti vartojama ne tik liaudies, bet yra tinkama būti ir mokslo kalba.
Knygos prakalboje Valančius paminėjo ją rašęs Varniuose 1847 metais. Visgi tai buvo ne vienerių metų darbas – jau 1840 metais jis turėjo sukaupęs daug medžiagos būsimam veikalui, kurią surinko nuo 1834 iki 1840 metų dirbdamas ir gyvendamas Kražiuose, o baigė grįžęs iš Petrapilio – 1845–1847 metais. Savo istorijai jis naudojo Žemaičių ir Vilniaus kapitulų, Kėdainių ir Vilniaus evangelikų reformatų sinodų, įvairių mokyklų, parapijų, vienuolynų dokumentus. Medžiagos jam teikė įvairūs lietuvių kultūrininkai. Taip pat buvo panaudoti spausdinti istorijos veikalai.
„Žemaičių vyskupystėje“ istorija yra „apraszita nu apskielbima Żemajtiusi krikszczioniska tikieima, lig musu [Valančiaus] gadines, taj ira: nu 1413 lig 1841 metu“. Knygoje ne tik aprašoma vyskupijos istorija – Žemaitijos krikštas, katalikybės plitimas, pateikiamos vyskupų ir kai kurių žymesnių dvasininkų biografijos. Skiriama dėmesio ir Reformacijai, evangelikų veiklai, vienuolynams, vyskupijos bažnytiniams susirinkimams, taip pat religiniams papročiams ir prietarams. Jau pirmojoje savo knygoje Valančius siekė paaiškinti įvairius prietarus ir burtus, išnaikinti klaidingus senuosius papročius (tai galima matyti ir jo vėlesniuose didaktiniuose veikaluose).
Viena iš šių istorijų neįtiko Vilniaus vyskupijos dvasinės cenzūros cenzoriui Vilniaus katedros kanauninkui Dionizui Pacevičiui. Iš Vrublevskių bibliotekoje saugomo rankraščio matyti, kad buvo liepta išbraukti 114-ą paragrafą „Didziunums Przeciszewskiums nedoribe“, o tolesnes – iš naujo sunumeruoti. Šio paragrafo tekstas yra išbrauktas, o virš jo parašyta: „Tego paragrafu drukować niepozwolono“.
Požiūris į veikalą netrukus pasikeitė – 1851 metais, Valančiui paprašius leidimo knygą perspausdinti, jis nebuvo suteiktas. Cenzorius atkreipė dėmesį į tai, kad knyga yra tautinė, joje pateikiama antivyriausybinių žinių apie rusų valdžią, Katalikų bažnyčios persekiojimą. Visgi tuo metu nei knyga, nei jos autorius pasekmių dar nepajuto. Padėtis pasikeitė po 1863 metų sukilimo. 1865 m. vasario 3 d. generalgubernatorius M. Muravjovas uždraudė perspausdinti ir versti šešias knygas, tarp kurių buvo ir „Žemaičių vyskupystė“, o rytojaus aplinkraščiu įsakė išimti jas iš prekybos (vėliau šios knygos buvo sunaikintos).