Kielcai – Varšuva – Peterburgas – Fribūras

J. Matulaičio kelias į Kielcų kunigų seminariją buvo sunkus. Aštuntas, jauniausias vaikas šeimoje labai anksti liko našlaitis. Tėvų ūkį perėmęs brolis Jonas spaudė Jurgį prie ūkio darbų, menkai juo rūpinosi, nenorėjo, o gal ir neišgalėjo leisti į mokslus, jam turėję pakakti pradžios mokyklos ir kelių gimnazijos klasių. Sulaukęs penkiolikos metų susirgo kaulų džiova ir mokslą nutraukė. Laisvas nuo darbų valandas skyrė maldai ir skaitymui, svajojo tapti kunigu. Dievo valia pusbrolis Jonas Matulaitis 1889 m. vasarą pasiėmė jį su savimi į Kielcus, kur pats dirbo gimnazijos mokytoju. Jis padėjo našlaičiui baigti gimnaziją ir įstoti į seminariją. Seminarijos vadovybė reikalavo, kad J. Matulaičio pavardė būtų sulenkinta ir įrašė į seminaristų sąrašus: Matulewicz. Ilgainiui ši forma prigijo, iš jos atsirado ir Matulevičiaus pavardė.

1893 m. carinės valdžios įsakymu Kielcų kunigų seminarija buvo uždaryta, o Jurgiui Matulaičiui leista užbaigti mokslus Varšuvos arkivyskupijos seminarijoje. Varšuvoje jis studijavo labai uoliai, buvo vienas geriausių seminarijos studentų. Tylus, nepaprastai darbštus, draugiškas, degąs Dievo meilės ugnimi ‒ toks jis įsiminė bendramoksliams.

1895 m. labai gerai baigė seminariją ir vyresnybės buvo pasiųstas į Peterburgo dvasinę akademiją tęsti aukštojo mokslo. Mokėsi puikiai, toliau dvasiškai brendo ir tobulėjo, ugdė savyje ypatingą, kiek mistišką maldingumo dvasią, kuri visada išskyrė J. Matulaitį iš kitų. 
Peterburge gavo ir kunigystės šventinimą. Su aukščiausiu pagyrimu įgijo teologijos magistro laipsnį.

Po studijų Kielcų vyskupo buvo paskirtas vikaru. Gyvenimo sąlygos lėmė, kad labai paaštrėjo liga, dėl jos išvyko gydytis į Šveicariją ir kartu svetima pavarde įstojo į garsų Fribūro katalikų universitetą. Varginamas sunkios ligos vis tik sugebėjo per porą metų baigti studijas ir su pagyrimu apgynė teologijos daktaro disertaciją apie Rusijos stačiatikių teologų pažiūras į pirmųjų žmonių dvasinę būklę prieš nusidedant. Iš Fribūro grįžo Kielcų vyskupijon, dėstė seminarijoje. Liga vėl paūmėjo, teko atsigulti į beturčių ligoninę Varšuvoje. Jį surado grafaitė Cecilija Pliater-Zyberkaitė, kuri rūpinosi jo gydymu, priėmė mergaičių namų ūkio mokyklos kapelionu. J. Matulaitis susidomėjo socialiniu darbu, organizavo katalikus darbininkus, leido laikraštį, rengė socialinius kursus.

Peterburgo dvasinė akademija pakvietė tapti jos profesoriumi, dėstyti socialinius ir teologijos mokslus. Ten J. Matulaitis darbavosi ketvertą metų, apaštalavo lietuvių, lenkų ir rusų visuomenėje.