Marijonų vienuolijos atnaujinimas

Dar studijų Peterburgo dvasinėje akademijoje metu Jurgio Matulaičio mintys krypo į vienuolio gyvenimą, kuris tuometinės Rusijos valdžios buvo uždraustas. J. Matulaitis jautė didelį kunigų vienuolių trūkumą. Lietuvos marijonų vienuolyne Marijampolėje gyveno paskutinis senelis kunigas Vincas Senkus. J. Matulaitis pasiryžo atkurti bei reformuoti dėl carinio persekiojimo nunykusią Švenčiausios Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo kunigų marijonų kongregaciją. Atnaujinimo darbą reikėjo atlikti slapta. 1909 m. gavo popiežiaus Pijaus X sutikimą. Pasinaudojęs popiežiaus suteikta privilegija, davė pirmuosius vienuolio įžadus ir, nepabuvęs naujokyne, tapo pirmuoju naujokų magistru. 1909 m. parašė marijonų Įstatus ir nusiuntė į Vatikaną patvirtinti. Patvirtinimo sulaukė 1910 m. lapkričio 28 d. 1911–1927 m. J. Matulaitis buvo Marijonų kongregacijos generolu.

Vėliau jis įsteigė ir dvi moterų vienuolijas – Švenčiausios Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo vargdienių seserų kongregaciją ir Jėzaus Eucharistijoje tarnaičių seserų kongregaciją. Parengė joms Įstatus. J. Matulaitis norėjo, kad vienuolijos pasižymėtų aktyvia dvasine bei socialine veikla, tarnautų epochos audrų blaškomiems lietuviams, lenkams ir gudams katalikams santaikos ir bendro darbo pavyzdžiu.

1911 m. J. Matulaitis atsisakė visų pareigų Peterburgo akademijoje ir atsidėjo vienuolijos veiklai. Dėl to 1913 m. išplaukė į Jungtines Amerikos Valstijas, Čikagoje įkūrė pirmuosius marijonų namus. Tada vėl grįžo į Fribūrą vadovauti naujokynui. 

Pirmasis pasaulinis karas įkalino J. Matulaitį Varšuvoje. Čia jis tęsė apaštalinį ir visuomeninį darbą. Bielanuose netoli Varšuvos jis įkūrė lenkų marijonų vienuolyną ir naujokyną, rūpinosi 200 našlaičių vaikų.
Baigiantis karui, 1918 m. pavasarį, J. Matulaitis gavo leidimą keliauti į Marijampolę, ketino čia atnaujinti lietuvių marijonų centrą bei įkurti naujokyną. Tuo metu J. Matulaitis nežinojo ir neįtarė, kad yra siūlomas užimti Vilniaus vyskupo sostą.