Vilniaus vyskupas
Pasinėręs į marijonų vienuolijos reikalus, J. Matulaitis visai netroško sunkios garbės – Vilniaus vyskupo sosto. Kiek galėdamas stengėsi šių pareigų išvengti, kreipėsi į labai J. Matulaitį vertinusį Achilą Ratti, Vatikano atstovą Lenkijoje, būsimąjį popiežių Pijų XI, prašė apaštalinio nuncijaus Vokietijoje Eugenio Pacelli, Lietuvos Tarybos pirmininko Antano Smetonos, Augustino Voldemaro, kitų įtakingų asmenų, kad rastų kitą kandidatą, o jam leistų tęsti pradėtą darbą. Geresnio kandidato už jį nebuvo rasta.
LMAVB RSS Fg2-18
Prašoma nepalaikyti jo kandidatūros į Vilniaus vyskupus, o geriau paremti kunigą Kazimierą Paltaroką.
Laiške kunigas Jurgis Matulevičius apibūdinamas kaip tolerantiškas, neįsipainiojęs į nacionalinius vaidus tarp lenkų ir lietuvių.
1918 m. spalio 23 d. popiežius Benediktas XV paskyrė J. Matulaitį Vilniaus vyskupu. Skaudama širdimi jis šiam paskyrimui pakluso. Gruodžio 1 d. Kaune buvo konsekruotas vyskupu, o gruodžio 8 d. įžengė į Vilniaus katedrą užimti vyskupo sosto. Vilniaus vyskupu buvo iki 1925 m. liepos. Savo Užrašuose įrašė: „Tai buvo man visokeriopų sielvartų ir vargų metas, didelio proto, valios ir nervų darbo metas, taip pat ir karštos maldos metas.“
LMAVB RS Fg1-1161
LMAVB 4366559
LMAVB RSS SFg-2403/12/5
LMAVB RSS SFg-2403/12/15
LMAVB RSS SFg-2402/3/3
LMAVB RSS Fg1-2648/2
Didelė Vilniaus vyskupija po carinės Rusijos priespaudos ir kaizerinės Vokietijos okupacijos buvo virtusi tautų nesantaikos katilu. Joje gyvenę lietuviai, lenkai, baltarusiai, ar, kaip juos vadino J. Matulaitis, baltgudžiai, žydai, rusai turėjo skirtingų siekių. Per trumpą laiką net septynis kartus keitėsi valdžios: vokiečiai, lietuviai, bolševikai, lenkai, vėl bolševikai, vėl lietuviai ir vėl lenkai. Todėl Vilniaus vyskupo gyvenimas buvo nuolatinis kryžius. Vyskupas tvirtai laikėsi nuostatos būti vienodai teisingam visiems, labai priešinosi kunigų įsitraukimui į politiką, jo durys visada buvo atviros persekiojamiems, prašantiems užtarimo ir pagalbos. Vince malum in bono (lot.; įveik blogį gerumu) – tokį sau tikslą iškėlęs, nuosekliai jo laikėsi, nors buvo nuolat šmeižiamas, skundžiamas, net grasinamas mirtimi. Turėjo ir jam talkinusių žmonių. Teisės klausimais konsultavosi ir palaikė ryšius su advokatu Tadu Vrublevskiu. Rūpinosi ne tik Bažnyčios reikalais, bet daug dėmesio skyrė socialinėms problemoms, našlaičių globai, šalpai, kad ji pasiektų visus Vilniaus gyventojus, ir ne vien tik katalikus, bendradarbiavo su spauda, neapleido ir marijonų reikalų.
LMAVB RS F43-25298
Prašoma raginti katalikus kovoti su vokiškaisiais okupantais.
LMAVB RS F254-66
Rašte raginama, kad vyskupas nedalyvautų lenkų rengiamose iškilmingose pamaldose Liublino unijai paminėti.
Ranka rašytos pastabos 1921 (?) m.
LMAVB RS F150-86
LMAVB RS F147-20
LMAVB RS F7-1214
Sveikinimai su vardinėmis ir kvietimas jį aplankyti, nes dėl ligos negalįs vaikščioti.
LMAVB RSS A-6329/2204,2207
Fotokopija. Originalas saugomas Lietuvos nacionaliniame muziejuje.
LMAVB RSS Fg2-97
LMAVB RSS P-046455
LMAVB RS F318-9201
Kalbama apie šv. Kazimiero kanonizavimo 400-mečio proga parodytą popiežiaus Benedikto XV malonę Vilniui.
Pranešama, kad šv. Kazimiero 400-ųjų kanonizacijos metinių proga popiežius Benediktas XV 1922 m. sausio 15 d. Vilniaus katedrai suteikė Bazilikos laipsnį.
LMAVB RSS F255-1151
Šiuo raštu Šv. Mikalojaus bažnyčios klebonas skiriamas Blaivybės draugijos pirmininku.
LMAVB RSS Fg1-1031
Tariamasi dėl Vilniaus vyskupijos išlaikymo buvusiose ribose.
LMAVB Fg1-967/2
LMAVB RS F44-40
Vilnių ir Vilniaus kraštą atplėšus nuo Lietuvos, spaudimas vyskupui J. Matulaičiui dar padidėjo, nes kai kuriems jis turėjo neatperkamą nuodėmę – buvo lietuvis. Blogio buvo daug daugiau, nei pasišventusio vyskupo jėgų tą blogį įveikti.
1925 m. vasarą jis parašė popiežiui Pijui XI ne vieną raštą, prašydamas atleisti iš Vilniaus vyskupo pareigų, ir išvyko į Romą.