Ekspedicijos

1873 05 išvyko į pirmąją ekspediciją tirti Kitojaus ir Tunkos kalnų Rytų Sajane
1874 06 antroji ekspedicija į Rytų Sajanų kalnus, kur tyrinėjo kainozojaus bazaltus ir jų susidarymo sąlygas
1875 06 trečioji ekspedicija iš Irkutsko iki Biriusos upės. Tiriamas Nižneudinsko urvas Rytų Sajane
1876 ketvirtoji ekspedicija. Tiriamas Balagansko urvas ir Angaros slėnis Rytų Sajane
1877 penktoji ekspedicija. Tiriamas Baikalo pietryčių krantas
1978 šeštoji ekspedicija. Tiriami Baikalo šiaurės vakarų ir šiaurės rytų krantai
1879 06 septintoji ekspedicija. Tiriami Baikalo pietvakarių krantai
1880 06 aštuntoji ekspedicija. Tiriami Baikalo šiaurės vakarų krantai 
1881 06 devintoji ekspedicija. Selengos upės baseino geologiniai tyrimai
1891–1892 dešimtoji ekspedicija. Su žmona Mavra, sūnumi Aleksandru ir sūnėnu H. Duglu iš Peterburgo išvyko į ekspediciją tirti Kolymos, Indigirkos ir Janos upių baseinų
1892 05 31 sunkiai sirgdamas, pradeda dešimtosios ekspedicijos antrųjų metų kelionę Kolymos upe iki žiočių

J. Čerskis garsėjo savo mokslinių tyrimų darbais geologijos, paleontologijos, geografijos, zoologijos, archeologijos srityse. Jam buvo pavedami svarbūs darbai bei mokslinių ekspedicijų vadovavimas. 1873 m. Čerskis išvyko į pirmąją ekspediciją tirti Tunkos ir Kitajaus kalnų geologijos. Pasibaigus ekspedicijai, Čerskis pateikė ne tik kruopščiai sutvarkytą surinktą medžiagą, bet ir parengtus Irkuto, Kitajaus ir Belajos upių baseinų geologinius žemėlapius.

1875 m., trečios ekspedicijos metu, kompleksiškai ištyrinėjo ir aprašė Nižneudinsko urvą, o po metų, ketvirtosios ekspedicijos metu, – Balagansko urvą, Chamar-Dabano kalnagūbrį. Vienoje Bogatyrskajos urvo oloje aptiko senovės žmonių meno pėdsakų – ant urvo skliauto buvo bėgančio elnio piešinys.
Geografų draugijos Sibiro skyriui labai rūpėjo nustatyti Baikalo ežero kilmę. J. Čerskiui buvo pavesta surengti ekspediciją Baikalo pakrantėms tyrinėti. Ekspedicijos tikslas buvo įvertinti pakrantės uolienas, atsekti vulkaninių procesų bei ledynų veiklos pėdsakus, nustatyti ankstesnį ir dabartinį Baikalo vandens lygius, sudaryti geologinius apylinkių žemėlapius, pažymėti naudingųjų iškasenų išeigas, mineralinio vandens šaltinių, versmių vietas, nustatyti kalnagūbrių aukštį, ieškoti paleontologinių liekanų, surinkti uolienų ir mineralų pavyzdžius. 
Svarbiausi J. Čerskio darbai geologijos srityje buvo atlikti, tyrinėjant Baikalo krantus 1877–1880 metais.

Ekspedicijų metu buvo sukaupta daug įvairios geologinės medžiagos. Remdamasis ja, J. Čerskis sudarė tikslų geologinį žemėlapį masteliu 1:420 000 ir prie jo pateikė geologinį-geomorfologinį aprašymą. Šis žemėlapis buvo nusiųstas į Tarptautinį geografų kongresą Venecijoje, kuris iki XX amžiaus penktojo dešimtmečio neturėjo sau lygaus. Už Baikalo ežero tyrinėjimus Rusijos geografų draugija jį apdovanojo mažuoju sidabro medaliu, o 1879 m. – mažuoju aukso medaliu. 
1885 m. Rusijos mokslų akademijos kvietimu J. Čerskis atvyko į Peterburgą ir pradėjo dirbti Peterburgo zoologijos muziejuje. Atvykęs į Peterburgą, Čerskis įsitraukė į Geografų, Mineralogų, Peterburgo gamtos tyrinėtojų, Imperatoriškosios gamtos mylėtojų draugijų veiklą ir tapo jų nariu. Už Sibiro geologinius tyrimus jis buvo apdovanotas F. Litkės aukso medaliu.
Peterburge pagerėjo gyvenimo ir darbo sąlygos. 1890 metais gavęs atostogų, jis nutarė aplankyti kraštą, kuriame prabėgo jo vaikystė. Jis išsiruošė pas sesers, tuo metu jau mirusios, vyrą, gyvenusį netoli Vitebsko. Į Peterburgą grįžo su sesers sūnumi Henriku Duglu, kuris vėliau dalyvavo paskutinėje Čerskio ekspedicijoje.
1891 m. J. Čerskis kartu su žmona, dvylikamečiu sūnumi ir sūnėnu išvyko į paskutinę trejų metų ekspediciją tirti Indigirkos, Kolymos ir Janos upių baseinų. Ekspedicijos metu buvo tiriama vietovių geologija ir geografija, atliekami meteorologiniai stebėjimai, renkamos uolienų, paleontologinės ir floros pavyzdžių kolekcijos. 
Šioje ekspedicijoje J. Čerskis aptiko didžiulį kalnagūbrį, didesnį už Kaukazo ir aukštesnį už Uralo kalnus, kuris vėliau pavadintas jo vardu. Ekspedicijos pirmųjų metų ataskaitoje Čerskis pateikė duomenų apie Kolymos krašto geologinę sandarą, papildė geografinį aprašymą. 
Sunkios darbo ir gyvenimo sąlygos palaužė J. Čerskio sveikatą. 1892 metais, jau sunkiai sirgdamas, pradėjo ekspedicijos antrųjų metų kelionę. Jausdamas, kad greitai mirs, J. Čerskis prieš išvykdamas parašė testamentą, kuriame prašė, kad ekspedicija būtų tęsiama, nors jis ir mirtų. 1892 m. liepos 7 d. Jonas Čerskis mirė. Žmona jį palaidojo mažame jukagyrų Kolymskojės kaimelyje, kur ant jo kapo dabar stovi aukštas paminklas, menantis didvyrišką mokslininką. Pagal jo testamentą Mavra tęsė ekspediciją ir į Jakutską grįžo tik žiemą, o iš ten arkliais išvyko į Irkutską.