Sibiro universitetai

Tarnyba carinėje kariuomenėje buvo sunki. Pakliuvęs tarp kareivių ir karininkų, Čerskis jautėsi labai prislėgtas. Tačiau po kurio laiko jam, kaip mokančiam keletą užsienio kalbų, pavedė tvarkyti bataliono karininkų klubo biblioteką. Joje buvo gamtos mokslų, medicinos, technikos literatūros. Didžiulį poveikį tolesniam mokslininko keliui turėjo pažintis su Omsko karininku, geografu ir etnografu Grigorijumi Potaninu (1835–1920), kuris skatino Čerskį mokytis, parinkdavo geriausios ano meto literatūros. 

Knygų parūpindavo kraštietis bibliotekininkas, aistringas bibliofilas V. Kvietkauskas, kurio kolekcijoje buvo daug retų mokslo ir mokslo populiarinimo bei kelionių knygų. Čerskis tapo nuolatiniu šios bibliotekos skaitytoju. Prie Čerskio studijų prisidėjo ir vietos gydytojas, pas kurį mokėsi anatomijos. Šalia kareivinių esančiame tvarte įsirengė chemijos laboratoriją ir darė bandymus. Šventiko pirtyje mokėsi praktinės anatomijos, preparavimo. 
G. Potanino paskatintas, J. Čerskis pradėjo domėtis Omsko ir jo apylinkių geologine sandara. Gavęs leidimą išeiti iš miesto, Irtyšiaus upės atodangose, taip pat giliai žemėje ieškojo suakmenėjusių kiaukutų, gyvūnų kaulų.

Atsirado ir daugiau išsilavinusių žmonių, kurie padėjo kareiviui, panorusiam siekti mokslo. Atvykęs į Omską, žymus rusų gamtininkas akademikas Aleksandras Teodoras fon Midendorfas (Александр Фёдорович Миддендорф, 1815–1894) išgirdo apie keistuolį kareivį, laisvalaikiu renkantį senus kaulus, kiaukutus ir savarankiškai studijuojantį gamtos mokslus. Susitikęs su J. Čerskiu, apžiūrėjo jo kolekcijas. Eksponatus, kurie pasirodė įdomūs ir vertingi mokslui, to krašto geologinei istorijai, išsiuntė į Maskvą. 
Studijuoti savarankiškai, kad ir turint gerus mokytojus, buvo sunku. Universiteto muziejus, laboratorijas ir profesorių paskaitas atstojo tik knygos ir patarimai. Sunkus ir įtemptas darbas pakirto Čerskio sveikatą. Kasdien darėsi vis sunkiau atlikti karinius pratimus. Vėliau ligoninėje buvo nustatyta, kad Čerskis susirgo sunkia nervų liga. Dėl šios ligos jį pripažino netinkamu karo tarnybai ir 1869 m. atleido iš tarnybos. Čerskis neteko viršilos laipsnio, liko politiniu tremtiniu, negalinčiu grįžti į tėvynę ar išvykti į bet kurią kitą vietą. Laisvė nuo kariuomenės nepadarė jo laisvo nuo skurdo. Kad pragyventų, vertėsi privačiomis pamokomis. Mokė Omsko pirklių vaikus prancūzų kalbos, muzikos ir saloninių šokių, o laisvesnį laiką skyrė savo studijoms, Omsko apylinkių paleontologinėms kolekcijoms bei jų moksliniam aprašymui. 

1871 m. J. Čerskiui buvo suteikta teisė išvykti iš Omsko į Irkutską. Irkutske jis apsistojo pas geologą ir geografą Aleksandrą Čekanovskį (1832–1876), kuris už dalyvavimą 1863 m. sukilime buvo nuteistas šešeriems metams katorgos darbų. Su juo Čerskis susipažino kelionėje Sibiro traktatu. Geografų draugijos Rytų Sibiro skyriaus muziejuje įsidarbino konservatoriumi ir bibliotekininku. Daug žinių zoologijos ir paleontologijos temomis suteikė 1863 m. tremtinys, Varšuvos universiteto prof. Baikalo ežero tyrėjas Benediktas Dybovskis (1833–1930). Mokslinė aplinka, draugiška parama padėjo jam baigti Omske pradėtas neakivaizdines studijas ir išeiti į savarankišką mokslo kelią.

Pirmasis mokslinis straipsnis – „Очерк геогностического строения окрестностей г. Омска“ [Omsko miesto ir apylinkių geognostinės struktūros pagrindai], išspausdintas 1872 m. žurnale „Известия Сибирского отдела Русского географического общества“. Vėliau per trylika metų kiekviename šio žurnalo numeryje pasirodydavo Čerskio straipsniai, pastabos ir kita mokslinė medžiaga.